stisim.diseases package

Submodules

• stisim.diseases.bv module
  • SimpleBV
    • SimpleBV.treatable
    • SimpleBV.init_results()
    • SimpleBV.bv_sus()
    • SimpleBV.set_hygiene_states()
    • SimpleBV.init_post()
    • SimpleBV.spontaneous()
    • SimpleBV.infect()
    • SimpleBV.step()
    • SimpleBV.clear_infection()
    • SimpleBV.step_state()
    • SimpleBV.wipe_dates()
    • SimpleBV.set_infection()
    • SimpleBV.set_symptoms()
    • SimpleBV.set_care_seeking()
    • SimpleBV.set_duration()
    • SimpleBV.set_prognoses()
    • SimpleBV.update_results()
  • BV
    • BV.init_results()
    • BV.bv_sus()
    • BV.cst1
    • BV.cst3
    • BV.cst4
    • BV.stable_cst1
    • BV.stable_cst3
    • BV.stable_cst4
    • BV.set_cst()
    • BV.set_hygiene_states()
    • BV.set_circumcision()
    • BV.compute_circumcision_impact()
    • BV.set_rel_sus()
    • BV.init_post()
    • BV.spontaneous()
    • BV.change_cst()
    • BV.step()
    • BV.sexual_transmission()
    • BV.clear_infection()
    • BV.step_state()
    • BV.wipe_dates()
    • BV.set_symptoms()
    • BV.set_duration()
    • BV.update_pregnancy()
    • BV.set_male_prognoses()
    • BV.set_prognoses()
    • BV.update_results()
• stisim.diseases.chlamydia module
  • Chlamydia
  • ChlamydiaBL
    • ChlamydiaBL.update_ct_load()
    • ChlamydiaBL.update_pre()
    • ChlamydiaBL.set_ct_load()
    • ChlamydiaBL.set_prognoses()
• stisim.diseases.gonorrhea module
  • Gonorrhea
    • Gonorrhea.init_results()
    • Gonorrhea.set_prognoses()
• stisim.diseases.gud module
  • Placeholder
    • Placeholder.init_pre()
    • Placeholder.set_prognoses()
    • Placeholder.step()
  • GUDPlaceholder
  • VDPlaceholder
  • GUD
    • GUD.make_init_prev_fn()
    • GUD.step_state()
    • GUD.set_prognoses()
• stisim.diseases.hiv module
  • HIV
    • HIV.make_init_prev_fn()
    • HIV.include_mtct
    • HIV.init_results()
    • HIV.init_post()
    • HIV.acute_decline()
    • HIV.falling_decline()
    • HIV.post_art_decline()
    • HIV.cd4_increase()
    • HIV.symptomatic
    • HIV.death_prob()
    • HIV.init_cd4()
    • HIV.init_care_seeking()
    • HIV.step_state()
    • HIV.step_die()
    • HIV.update_transmission()
    • HIV.update_results()
    • HIV.set_prognoses()
    • HIV.set_congenital()
    • HIV.start_art()
    • HIV.dur_post_art_fn()
    • HIV.dur_post_art_mean()
    • HIV.dur_post_art_scale()
    • HIV.stop_art()
• stisim.diseases.sti module
  • BaseSTI
    • BaseSTI.make_init_prev_fn()
    • BaseSTI.validate_beta()
    • BaseSTI.agehist()
    • BaseSTI.treatable
    • BaseSTI.init_results()
    • BaseSTI.infect()
    • BaseSTI.set_outcomes()
    • BaseSTI.update_results()
  • SEIS
    • SEIS.treatable
    • SEIS.init_results()
    • SEIS.clear_infection()
    • SEIS.step_state()
    • SEIS.update_results()
    • SEIS.set_exposure()
    • SEIS.set_pars()
    • SEIS.set_symptoms()
    • SEIS.set_care_seeking()
    • SEIS.set_pid()
    • SEIS.set_pid_care_seeking()
    • SEIS.set_duration()
    • SEIS.wipe_dates()
    • SEIS.set_prognoses()
• stisim.diseases.syphilis module
  • Syphilis
    • Syphilis.make_init_prev_fn()
    • Syphilis.make_init_prev_latent_fn()
    • Syphilis.exposed
    • Syphilis.ti_exposed
    • Syphilis.naive
    • Syphilis.sus_not_naive
    • Syphilis.active
    • Syphilis.infectious
    • Syphilis.init_post()
    • Syphilis.init_results()
    • Syphilis.step_state()
    • Syphilis.update_results()
    • Syphilis.finalize_results()
    • Syphilis.set_latent_trans()
    • Syphilis.set_prognoses()
    • Syphilis.set_secondary_prognoses()
    • Syphilis.set_latent_prognoses()
    • Syphilis.set_congenital()
  • SyphilisPlaceholder
    • SyphilisPlaceholder.init_pre()
    • SyphilisPlaceholder.set_prognoses()
    • SyphilisPlaceholder.step_state()
• stisim.diseases.trichomoniasis module
  • Trichomoniasis
    • Trichomoniasis.set_duration()