idmtools_calibra.utilities package

Subpackages

• idmtools_calibra.utilities.parsers package
  • Submodules
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.JSON module
      • strip()
      • parse()
      • json2dict()
      • dict2json()
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.bin2np module
      • filter_generator()
      • bin2np()
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.dict2pd module
      • dict2pd()
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.malaria_summary module
      • summary_channel_to_pandas()
      • json_to_pandas()
      • get_grouping_for_summary_channel()
      • get_bins_for_summary_grouping()
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.np2json module
      • NumpyAwareJSONEncoder
      • np2json()
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.np2pd module
      • np2pd()
    • idmtools_calibra.utilities.parsers.pd2csv module
      • pd2csv()

Submodules

• idmtools_calibra.utilities.display module
  • on_off()
  • pluralize()
  • verbose_timedelta()
• idmtools_calibra.utilities.distro module
  • NORMALIZED_OS_ID
  • NORMALIZED_LSB_ID
  • NORMALIZED_DISTRO_ID
  • linux_distribution()
  • id()
  • name()
  • version()
  • version_parts()
  • major_version()
  • minor_version()
  • build_number()
  • like()
  • codename()
  • info()
  • os_release_info()
  • lsb_release_info()
  • distro_release_info()
  • uname_info()
  • os_release_attr()
  • lsb_release_attr()
  • distro_release_attr()
  • uname_attr()
  • cached_property
  • LinuxDistribution
    • LinuxDistribution.linux_distribution()
    • LinuxDistribution.id()
    • LinuxDistribution.name()
    • LinuxDistribution.version()
    • LinuxDistribution.version_parts()
    • LinuxDistribution.major_version()
    • LinuxDistribution.minor_version()
    • LinuxDistribution.build_number()
    • LinuxDistribution.like()
    • LinuxDistribution.codename()
    • LinuxDistribution.info()
    • LinuxDistribution.os_release_info()
    • LinuxDistribution.lsb_release_info()
    • LinuxDistribution.distro_release_info()
    • LinuxDistribution.uname_info()
    • LinuxDistribution.os_release_attr()
    • LinuxDistribution.lsb_release_attr()
    • LinuxDistribution.distro_release_attr()
    • LinuxDistribution.uname_attr()
  • main()
  • test()
• idmtools_calibra.utilities.encoding module
  • NumpyEncoder
    • NumpyEncoder.default()
  • GeneralEncoder
    • GeneralEncoder.default()
  • json_numpy_obj_hook()
  • cast_number()
• idmtools_calibra.utilities.helper module
  • validate_exp_name()
  • json_to_pandas()
• idmtools_calibra.utilities.ll_all_generator module
  • generate_ll_all()
• idmtools_calibra.utilities.ll_calculators module
  • dirichlet_multinomial_pandas()
  • gamma_poisson_pandas()
  • beta_binomial_pandas()
  • dirichlet_multinomial()
  • dirichlet_single()
  • beta_binomial()
  • gamma_poisson()
  • euclidean_distance()
  • euclidean_distance_pandas()
  • weighted_squares()
• idmtools_calibra.utilities.mod_fn module
  • ModFn
• idmtools_calibra.utilities.parameter_set module
  • NaNDetectedError
  • ParameterSet
    • ParameterSet.to_dict()
    • ParameterSet.from_dict()
• idmtools_calibra.utilities.prior module
  • SampleRange
    • SampleRange.get_sample_function()
    • SampleRange.get_bins()
    • SampleRange.get_xlim()
    • SampleRange.is_log()
    • SampleRange.is_int()
  • SampleFunctionContainer
    • SampleFunctionContainer.from_range()
    • SampleFunctionContainer.from_tuple()
    • SampleFunctionContainer.get_even_spaced_samples()
    • SampleFunctionContainer.pdf()
  • MultiVariatePrior
    • MultiVariatePrior.functions
    • MultiVariatePrior.params
    • MultiVariatePrior.ndim
    • MultiVariatePrior.by_range()
    • MultiVariatePrior.by_param()
    • MultiVariatePrior.pdf()
    • MultiVariatePrior.rvs()
    • MultiVariatePrior.lhs()
    • MultiVariatePrior.to_dataframe()
    • MultiVariatePrior.to_dict()
• idmtools_calibra.utilities.resume_manager module
  • status_to_iter_step()
  • ResumeManager
    • ResumeManager.initialize()
    • ResumeManager.resume()
    • ResumeManager.check_location()
    • ResumeManager.adjust_iteration()
    • ResumeManager.adjust_iteration_step()
    • ResumeManager.restore_calib_manager()
    • ResumeManager.restore_iteration_state()
    • ResumeManager.restore_ll_all()
    • ResumeManager.backup_calibration()